峨眉山僧徒多是臨濟宗門人，曹洞宗次之。據《五燈會元》等書記載：唐文宗（公元827～840年在位）年間來峨眉山的昌福禪師（眉州人）、黃檗老人（福建人）、靈龕和尚（成都人）、黑水和尚（峨眉人），為峨眉山最早南岳臨濟宗門人。唐僖宗（公元 874～888年在位）年間來的西禪和尚（嘉州人）、白水和尚（嘉州人）、澄照禪師（川西青城人）、布水巖和尚（益州人）、東汀和尚（嘉州人），則是青源系曹洞宗最早門人。他們來峨眉山后，修建寺廟，招收門人，代傳相續，延流至今。
惜因史料奇缺，對禪燈流衍之具體史實，已難盡悉，F僅從“黑水祖堂”和“昌文修譜”的有關記載中略知其發展梗概。據《峨眉山志》載：“黑水寺，在對月峰，創自晉魏肇公（384～414）。唐僖宗問，高僧慧通住錫，道聞朝廷，敕建永明華藏寺（即黑水寺），弘建普賢（即萬年寺）、延福（即牛心寺）、中峰、華嚴四剎。繼席祖庭，位列傳燈，承憬、義欽、黑水、曇振、洞溪、廣悟。前后七代，悉宗風大振。故古今稱‘峨眉祖堂’、‘水洞溪’，俱以山彰名也！
又劉君澤《峨眉伽藍記》中記：華嚴頂，雍正己酉（1729年）通融（慧先）老人所開建。臥云庵，見無禪師傳臨濟三十四世，其數傳之法嗣有昌文真秀者，具戒于峨眉靈覺堂，乾嘉之際監寺事，嘉慶甲戍（公元1814年）始修見無禪師以下譜系，令其徒孫能環，遍歷四川二十多縣，并及江蘇、云南、貴州等省。普訪稽考，迄至道光了未（公元1847年）譜成，分寫十八部分存本山永慶寺、華嚴頂及省內有關各寺廟。可惜該譜今已無從查得。
臨濟宗僧譜（字輩） ： 智慧清靜，道德圓明。真如性海，寂照普通。心源廣續，本覺昌隆。能仁圣果，常演寬宏。惟傳法印，正悟會融。堅持戒定，永繼祖宗。
曹洞宗僧譜： 廣崇妙善，宏勝禧（后改為永）昌。繼祖續宗，慧正維方。圓明凈智，德行福祥；澄清覺海，了悟真常。
溈仰宗僧譜： 慧維妙真恒，心空悟上乘。續宗宏法遠，萬古耀蓮燈。
此外，在金頂銅殿銅碑上鑄有“峨眉山銅殿法派：普行澄清海，智鏡常照明。聞思修心德，覺遍性圓融！
1984年在洪椿坪出土的清人馮慶樾撰的《雙百字聯》石碑上刻有千佛禪林之號派“德先字正恒，定靜精華燦。大海清奚純，中誠觀守善。金經廣照深，法融涵空鑒。福緣滿行成，西來昭普愿！边@些可能都是臨濟宗某岔宗的僧譜。
1990年3月《峨眉山佛教專輯??峨眉文史第六輯》記載有峨眉山寺廟宗教體系，截至公元1949年止（列為一行一組者較為親近）。
臨濟正宗：
伏虎寺、龍鳳庵、天臺庵、無量殿、華嚴寺、慧燈寺、臥云庵；
大乘寺、白云寺、菩提庵；
報國寺、祖殿、太子坪、七天橋；
錫瓦殿、萬佛頂、明月庵、天門石、觀音閣、園覺寺；
千佛頂、圓通寺；
華嚴頂、遇仙寺、永慶寺、接引殿、祖師殿、沉香塔、普賢塔（和尚塔）；
凈土寺（大坪）、雷音寺、善覺寺、龍升崗。
臨濟岔派：
洪椿坪、仙峰寺、清音閣、廣福寺、牛心寺、會福寺、保寧寺（含仙峰莊）；
華藏寺、萬行莊、冰雪庵、佛頂庵；
中峰寺、純陽殿、西坡寺、蓮花石、觀音寺；
大峨寺、神水閣、雷洞坪、新開寺、新殿、息心所、回龍寺、桂香閣、高覺庵。
曹洞正宗：
上白龍洞（含下白龍洞）、極樂寺、大佛殿、毗盧殿（未改為什方叢林前）。
曹洞岔派：
磚殿、洗象池、初殿（含興圣寺）、長老坪（含長壽寺）、圣積寺、蒲公庵、金龍寺；
慈圣庵、上中下三個海會寺、子龍廟、觀音閣、觀音寺。七廟當時無人住持，甚至無僧眾長住。
觀心坡不明宗派，傳為明代傳入的溈仰宗寺廟。
峨眉山寺廟在清光緒二十八年（公元1902年）前全屬子孫廟。是年全山佛教界協議，以萬年寺之毗盧殿、峨眉東郊的大佛殿建立什方叢林，是為峨眉山什方叢林之始。民國8年（1919年），大佛殿方丈仁玉和尚，聚憎眾300余人傳戒授法。民國25年（1936年），大通禪師于毗盧殿傳戒授法，受戒者計260余眾。
